Задать вопрос юристу

Построение модели белков VirE2-VirE1 в мембране в программе CHARMM-GUI


Построение комплекса белок-мембрана было также проведено в программе CHARMM-GUI [Woolf, Roux, 1996; Jo et al., 2007, 2009]. Для этого был выбран модуль Membrane Builder. В данном модуле в графе Upload PDB File был загружен PDB файл 3BTP белкового комплекса VirE2- VirE1.
Ниже в опции PDB format был выбран RCSB. При выборе Next Step появляется опция, где можно выбрать интересующую цепочку (всё оставлено по умолчанию). Далее появляется опция по манипуляциям с PDB файлом (также все по умолчанию). На первом шаге в Orientation Options была выбрана команда: Align the First Principal Axis Along Z, в Positioning Options выбрана - Flip Molecule along the Z axis. Next Step. На втором, третьем, четвертом, пятом шагах все оставлено по умолчанию. На шестом шаге был скачан PDB файл комплекса белок-мембрана под названием step5_assembly.pdb.
На рисунке 3.8 изображен комплекс белков VirE2-VirE1 в мембране с ионным окружением при первоначальной визуализации в Swiss-PdbViewer.

Рисунок 3.8 Комплекс белков VirE2-VirE1 в мембране с ионным окружением, визуализированный в Swiss-PdbViewer.


Но на рисунке 3.8 невозможно понять взаимное расположение белков и мембраны. Чтобы нагляднее представить комплекс в мембране, нужно выбрать вкладку Window - Control Panel. В первом столбце show правой кнопкой мышки убрать все галки и поставить их левой кнопкой напротив всех молекул DLP. В колонке Ribn щелкнуть правой кнопкой мыши. В предпоследнем и последнем столбцах при желании можно окрасить комплекс.
На рисунках 3.9 и 3.10 изображен комплекс белков VirE2-VirE1 в мембране (вид спереди и сверху). Как видно из рисунков, канал для переноса оцДНК не образовался.

Рисунок 3.9 Комплекс белков VirE2-VirE1 в мембране. Зеленым цветом изображена мембрана, красным - комплекс белков VirE2-VirE1 (вид сбоку).




Рисунок 3.10 Комплекс белков VirE2-VirE1 в мембране. Зеленым цветом изображена мембрана, красным - комплекс белков VirE2-VirE1 (вид сверху).

<< | >>
Источник: ГУСЕВ Юрий Сергеевич. СТРУКТУРА И ФУНКЦИИ БЕЛКА VirE2 В ПЕРЕНОСЕ оцДНК ВЭУКАРИОТИЧЕССКИЕ КЛЕТКИ. 2014

Еще по теме Построение модели белков VirE2-VirE1 в мембране в программе CHARMM-GUI:

  1. Математические модели в экологии. Модели биогеоценозов
  2. ГУСЕВ Юрий Сергеевич. СТРУКТУРА И ФУНКЦИИ БЕЛКА VirE2 В ПЕРЕНОСЕ оцДНК ВЭУКАРИОТИЧЕССКИЕ КЛЕТКИ, 2014
  3. Программа и место проведения исследований
  4. 1 УСЛОВИЯ И ПРОГРАММА ПРОВЕДЕНИЯ ИССЛЕДОВАНИЙ
  5. Структура и функции белков
  6. 4.9. Определение белкового азота
  7. Регуляция активности генов и белков
  8.   МЕТОДЫ ОЦЕНКИ СОСТОЯНИЯ БЕЛКОВОГО ОБМЕНА  
  9. ИССЛЕДОВАНИЯ БЕЛКОВ КАРТОФЕЛЯ
  10. Модели межклеточного взаимодействия и формообразования
  11. Эфирная модель строения атома
  12.   БЕЛКОВЫЙ СОСТАВ СЫВОРОТКИ КРОВИ  
  13. Анализ моделей и сценариев
  14. ЭЛЕКТРОФОРЕЗ БЕЛКОВ КАРТОФЕЛЯ В АКРИЛАМИДНОМ ГЕЛЕ
  15. Модели роста популяций. 
  16. Простые модели размножения
  17. 3. Познавательные модели эволюционизма
  18. Модели изложенных теорий
  19.   Определение белковых фракций в сыворотке крови. 
  20. Генетический контроль синтеза белков